Modlitwa w Godzinie Miłosierdzia Bożego stanowi jedną z postaci kultu do Miłosierdzia Bożego, podobnie jak nowenna czy koronka do Miłosierdzia Bożego. Jezus, za pośrednictwem świętej Faustyny, wzywa nas do całkowitego zawierzenia się Miłosierdziu Bożemu poprzez szczególną modlitwę w godzinie upamiętniającej Jego śmierć na krzyżu, to znaczy o godzinie piętnastej. „(...) w tej godzinie nie odmówię duszy niczego, która mnie prosi przez mękę moją...” („Dzienniczek” świętej Siostry Faustyny, 1320),
Podczas ostatnich objawień świętej Siostrze Faustynie, Jezus poprosił ją o codzienną modlitwę do Jego miłosierdzia o godzinie 15, by upamiętnić godzinę Jego konania na krzyżu: „ile razy usłyszysz, jak zegar bije trzecią godzinę, zanurzaj się cała w miłosierdziu moim, uwielbiając i wysławiając je; wzywaj jego wszechmocy dla świata całego (...). W godzinie tej uprosisz wszystko dla siebie i dla innych; w tej godzinie stała się łaska dla świata całego - miłosierdzie zwyciężyło sprawiedliwość.” („Dzienniczek” świętej Siostry Faustyny, 1572).
W godzinę swojej śmierci, Jezus okazuje najpełniejszą ofiarę, oddając się całkowicie Bożej woli, przez co zbawia całą ludzkość. Jezus umiera za ludzi, aby razem z nimi zmartwychwstać. Modlitwa w „godzinę Golgoty” nie jest więc jedynie sposobem na upamiętnienie wydarzeń sprzed dwóch tysięcy lat, ale wyrazem zrozumienia, że również dziś, Jezus jest gotowy by nas zbawiać i ukazywać nam ogrom swojej miłości do każdego z nas. To właśnie dlatego jesteśmy zachęcani do modlitwy w godzinę Jego bolesnej męki o Jego nieskończone miłosierdzie, dla nas, dla innych ludzi, a w szczególności, dla grzeszników.
Jezus wzywa nas nie tylko do komunii duchowej o godzinie piętnastej, ale też do rozważania Męki Pańskiej. „Rozważanie mojej męki dopomoże ci się wznieść ponad wszystko.” („Dzienniczek” świętej Siostry Faustyny, 1184). Śmierć Chrystusa jest największym przejawem miłości Boga do ludzi. Daje nam swojego Syna, aby odkupić nasze winy, słabości, błędy. Jezus umiera na krzyżu by nas uratować, uwolnić od brzemienia grzechu. To dar zbawienia, na który nie musimy zasłużyć, Jezus dał go nam bezinteresownie.
Powracanie do poszczególnych punktów Męki Pańskiej i ich rozważanie jest niezbędne do zrozumienia potęgi Bożego Miłosierdzia i potrzeby całkowitego oddania się Jezusowi, który czeka na nas z szeroko otwartymi ramionami, które rozpostarł na Krzyżu. Mękę Chrystusa możemy rozważać również poprzez odmawianie Tajemnic Bolesnych modlitwy różańcowej.
Sam Jezus wskazał świętej Siostrze Faustynie kilka sposobów na modlitwę w Godzinie Miłosierdzia Bożego:
W dzisiejszych czasach, trudno jest sobie wyobrazić znalezienie czasu na codzienną praktykę drogi krzyżowej w samym środku dnia, czy wyjście z biura o godzinie 15, aby wstąpić do pobliskiego kościoła. Możemy jednak spróbować wyciszyć się na krótką chwilę i kontemplować w naszym sercu Jezusa Ukrzyżowanego. „Pogrąż się w modlitwie tam, gdzie jesteś, chociaż przez króciutką chwilę” („Dzienniczek” świętej Siostry Faustyny, 1572).
Modlitwa to sprawa intymna i każdy powinien podążać za swoim sercem, jednak w tym przypadku święta Siostra Faustyna przekazała nam kilka zasad. Pierwszą jest oczywiście pora modlitwy. Drugą ważną zasadą jest zwracanie się do Ojca poprzez ofiarowanie Mu Bolesnej Męki Jezusa Chrystusa.
Jezus całkowicie zawierzył swoją Duszę Ojcu i wzywa nas do naśladowania Go poprzez całkowite zawierzenie naszych dusz. W związku z tym, podobnie jak w przypadku innych postaci kultu Miłosierdzia Bożego (między innymi nowenny i koronki), modlitwa ta musi być połączona z całkowitym zaufaniem Jezusowi, w duchu miłosierdzia względem bliźniego.
„Jezu, ufam Tobie.”
„O krwi i wodo któraś wypłynęła z Najświętszego Serca Jezusowego jako zdrój miłosierdzia dla nas, ufamy Tobie.”
„Ojcze Przedwieczny, ofiaruję Ci Ciało i Krew, Duszę i Bóstwo najmilszego Syna Twojego, a Pana naszego Jezusa Chrystusa, na przebłaganie za grzechy nasze i całego świata.”