Déjà de son vivant, l'œuvre de Jean Eudes apparaît considérable : l'organisation de nombreuses missions, la création des séminaires de la Compagnie de Jésus et Marie (les Eudistes), l'Institut de Notre-Dame de Charité, la Congrégation des Sœurs de la Providence d'Évreux. Il institue la fête du Cœur de Marie et la fête du Cœur de Jésus et rédige les Offices de ces deux fêtes.

Saint Jean Eudes rédige aussi des Offices propres à sa Congrégation et de nombreux ouvrages, dont Le Royaume de Jésus, Le Catéchisme de la Mission, des Avertissements aux Confesseurs Missionnaires, le Contrat de l'Homme envers Dieu par le Baptême, l'Enfance Admirable de la Mère de Dieu, et les douze Livres consacrés au Cœur Admirable de la Très Sacrée Mère de Dieu. Le douzième volume de ce dernier ouvrage, achevé le 25 juillet 1680, soit quelques jours seulement avant la mort de Jean Eudes, est entièrement consacré au Cœur de Jésus.

Cette œuvre magnifique aurait dû lui attirer la reconnaissance des diverses instances religieuses, du Roi et de la Cour. Il n'en fut rien. Déjà très contesté dès 1643, il vit, pendant les six dernières années de sa vie, un temps d'attaques et de disgrâce qu'il supporte avec une humilité étonnante. Sans chercher de polémique, sans jamais se défendre, il subit, il attend, imitant Jésus dans sa patience et son silence.

Que se passe-t-il ? Parmi les Oratoriens, certains ont compris sa décision de quitter l'Oratoire et sont restés ses amis. Mais un petit groupe d'entre eux ne cesse de s'acharner contre lui. Se rallie à eux une communauté janséniste qui anime un séminaire dans le diocèse de Coutances. On l'accuse donc de charlatanisme, d'agir par intérêt, bref les calomnies vont bon train. Ces adversaires  jouissent d'une grande influence auprès des autorités, notamment des parlementaires. Ces derniers sont des assemblées de magistrats nommés par le Roi. Etablis dans les provinces, ce sont eux qui rendent exécutoires les décisions royales. Or Jean Eudes qui a obtenu pour ses Congrégations des approbations épiscopales a besoin des approbations royales. Celles-ci sont donc bloquées par les parlementaires. Il se tourne alors vers Rome mais, là aussi, ses adversaires veillent et l'approbation papale lui est refusée. Peut-être Anne d'Autriche qui lui a toujours été favorable pourrait-elle user de son influence auprès des parlementaires ? Il n'en est rien. En 1645, il essaye de faire approuver par l'Assemblée du Clergé le projet de créer des séminaires dans toute la France. Il est certes encouragé mais l'Assemblée ne s'engage pas. En 1650, les Lettres Patentes du séminaire de Caen sont enfin enregistrées à Rouen. Mais cette année-là, les ennemis du Père Eudes lui portent un coup de grâce : l'Officialité du diocèse de Bayeux décide la fermeture du séminaire de Caen et y appose les scellés le 1^er décembre 1650. Par chance, au même moment, Monseigneur Aubry, évêque de Coutances, confie au Père Eudes le projet de créer un séminaire. Un acte d'institution est daté du 8 décembre. Un séminaire en remplace-t-il un autre ? Pas vraiment car suite au décès de l'évêque de Bayeux, Caen va pouvoir rouvrir en 1653. Jean Eudes a par la suite la charge de ces deux séminaires.

       Mais l'approbation du pape se fait toujours attendre et Jean Eudes, de son vivant, n'obtiendra jamais cette satisfaction. Il a beau envoyer des compagnons munis de recommandations élogieuses royales et épiscopales, rien n'y fait. L'efficacité du veto des oratoriens se vérifie donc jusqu'à Rome. On a conservé quelques missives échangées par trois oratoriens qui montrent leur volonté implacable « de couler à fond le bonhomme Père Eudes »

Face à toutes les attaques dont il ne cesse d'être l'objet, le Père Eudes peut compter sur un grand nombre d'appuis : de nombreuses congrégations religieuses sont ses amies : les Carmélites de Caen, les Ursulines, les Visitandines, les Bénédictines du Saint-Sacrement. Le vieil évêque de Lisieux, Philippe Cospéan, écouté de la reine, le soutient fidèlement. De même Monseigneur Aubry, évêque de Coutances et ami de Mazarin. Parmi les laïcs, les Blouet de Camilly ne cessent de l'aider. Leur fils, Jean-Jacques, entre dans la congrégation du Père Eudes dont il deviendra plus tard le Supérieur Général.

Gaston de Renty, de la Compagnie du Saint-Sacrement, a rencontré le Père Eudes en 1641, lors d'une mission (il en finança sept) et se trouve en plein accord avec lui. Il dit : « Il faut rendre cet honneur au Père Eudes de le tenir comme un admirable et extraordinaire organe de Dieu pour le ministère auquel Il l'a appelé. » Gaston de Renty, humble et généreux, mourut de froid, épuisé, comme il secondait l'action de Saint Vincent de Paul en faveur des pauvres. C'était en 1649 à Paris. Il avait trente-sept ans.

A dater de 1673, les attaques contre le Père Eudes redoublent d'intensité. Ce lui fut d'autant plus cruel qu'après les missions à la Cour, il avait senti la bienveillance du Roi.

Or cette année-là, il reçoit une lettre de son frère, François Eudes de Mézeray qui l'avertit, de la part de l'archevêque de Paris, d'un très grave danger. Le 25 novembre, le procureur général du Roi lui notifie qu'on a présenté en son nom une supplique contraire aux intérêts du Roi. Jean Eudes ne comprend absolument pas de quoi il peut s'agir. Il ignore tout de la cabale montée contre lui et qui, après des mois de patience de la part de ses adversaires, est en train d'aboutir. Ceux-ci lui communiquent une copie de la supplique remise en son nom au pape par son envoyé Louis Boniface en 1662. Il y est déclaré que le Père Eudes avait l'intention de proposer à ses confrères le vœu de soutenir en tout l'autorité du pape, fût-ce en matière douteuse.

Louis Boniface avait bien rédigé cette supplique sans en avoir été mandaté par le Père Eudes et il l'avait bien remise au pape. Il est atterré de l'usage qui en est fait, reconnaît sa responsabilité dans la rédaction imprudente de ce document, signe deux déclarations pour dégager la responsabilité du Père Eudes. Sans succès. En mars 1674, le Père Eudes reçoit une lettre de cachet, signée de Colbert, qui le bannit de la capitale. Accablé, il regagne la Normandie où il tombe malade.

L'affaire fait grand bruit et ne doit pas s'arrêter là. Car les adversaires du Père Eudes veulent anéantir son œuvre en totalité et dissoudre sa Congrégation. Ils y seraient parvenus si de puissants appuis ne s'étaient manifestés en faveur du Père Eudes auprès du Roi.

Le Père Eudes a un autre adversaire de taille en la personne d'un certain Charles Dufour, Abbé commendataire de l'Abbaye d'Aulnay (un abbé commendataire est une personne jouissant d'un bénéfice ecclésiastique sans la charge religieuse, ni l'activité monastique). Les Ursulines de Caen l'ayant pris pour un janséniste, il attribua cet affront au Père Eudes et ne cessa de le poursuivre de sa vindicte. Fin 1674, Charles Dufour publie un livre : Lettre à un Docteur de Sorbonne… sur le sujet de plusieurs écrits de la vie et de l'état de Marie des Vallées du diocèse de Coutances.

Il a écrit à un oratorien de Paris : « J'ai toujours jugé qu'il était bien nécessaire de battre le Père Eudes du côté de la doctrine et qu'autrement on n'en viendrait jamais à bout. » Pour ce faire, il utilise un écrit établi par un moine de l'abbaye de Barbery qui nourrissait quelques soupçons quant à la sainteté de Marie des Vallées. Du Four soudoie un jeune secrétaire du Père Eudes qui lui livre des textes dictés par le missionnaire.

L'ouvrage est construit de manière fallacieuse en empruntant de ci de là des bouts de texte et en les juxtaposant de façon à en détourner le sens afin de prouver les folles doctrines du soi-disant auteur. Le Père Eudes est accusé d'hérésie. Marie des Vallées aurait été pour lui une « nouvelle divinité » un « messie-femelle » « une autre rédemptrice ». Le livre est distribué dans toute la France et impressionne malgré les énormités qu'il contient. Un évêque qui s'entend bien avec le Père Eudes écrit à Caen pour demander des informations. Jean Eudes répond en dénonçant le procédé malhonnête utilisé. Puis il choisit de ne plus répondre. Il garde le silence. Le Christ a supporté l'injustice et la cruauté des juifs. Le Père Eudes veut l'imiter dans sa patience et son silence. « Jésus, lui, se taisait » écrit-il.

Cependant les amis du Père Eudes entendent prendre sa défense. Cette tâche est confiée à un prêtre qui accompagnait le Père Eudes dans ses missions, Jean-Baptiste de Launay-Hue. Celui-ci démontre, dans un long mémoire, combien le libelle de Du Four est contraire à la charité, à la vérité et à la justice. Un groupe d'évêques se réunit à Meulan et blanchit le Père Eudes. Ce n'est pas suffisant pour désarmer ses ennemis. Ceux-ci s'en prennent à ce qui tient le plus à cœur à Jean Eudes, la construction de l'église de son séminaire de Caen. Ces travaux sont en effet financés par la Duchesse de Guise. Elle se laisse convaincre par les adversaires du Père Eudes et suspend ses dons. Fort heureusement, Madame de Lorraine, abbesse de Montmartre, intervient. Amie du Père Eudes, elle est la tante de la duchesse de Guise. Celle-ci reprend ses versements et le Père Eudes s'en trouve consolé.

Une lettre de son disciple, Jacques de Bonnefond, va le convaincre de prendre un nouveau départ, malgré son âge, en recommençant des missions. Jacques de Bonnefond écrit : « C'est le démon qui s'acharne contre vous mais c'est à vous de l'obliger à parer les coups que vous lui porterez… Je crois donc, mon très cher Père, que laissant à notre très aimable Sauveur et à sa très sainte Mère le soin de parer tous les coups de nos ennemis, vous pourriez vous appliquer autant que jamais à faire quelques missions… »

Combien son disciple a raison ! Cette harangue fait retrouver des forces au Père Eudes qui se remet à prêcher. La plus réussie de ces missions, prêchée dans le vent et par grand froid est celle de Saint-Lô. Les gens ont fait parfois près de trente kilomètres à pied pour l'écouter. Tous se pressent aux confessionnaux et les vingt prêtres de la mission s'en trouvent débordés. Une procession du Saint-Sacrement clôture la mission et tous de se mettre à genoux dans la boue pour l'adoration.

Cependant le Père Eudes ne peut supporter la disgrâce dont il est l'objet. Il cherche sans succès des intercesseurs possibles auprès du Roi. C'est finalement grâce à un jésuite, François de la Chaise, que l'affaire va se dénouer en 1679. Celui-ci est le confesseur du Roi. Peut-être soutenu par d'autres jésuites, il va prouver l'innocence du Père Eudes à tel point que ce dernier reçoit une lettre de son évêque. Il lui écrit de la part de l'Archevêque de Paris que le Roi a perdu la mauvaise impression qu'il avait contre lui. Le Père Eudes est invité à Paris pour remercier Sa Majesté. L'entrevue a lieu le 16 juin 1679. Ce jour-là, on fait entrer le Père Eudes dans la Chambre du Roi où se presse toute une foule de courtisans. Mais le Roi va droit à lui et lui dit : « Je suis bien aise de vous voir, Père Eudes… Continuez à travailler comme vous faites. Je serai bien aise de vous voir encore et je vous servirai et protégerai dans toutes les occasions qui s'en présenteront. »

Les coups du démon ont donc tous été parés. Quant à Jean Eudes, il a suivi un cheminement intérieur dont il sort profondément changé. Il aimait diriger, organiser, voire dominer. Or ces six années d'angoisse et d'épreuves ont fait croître en lui une grande humilité. Il s'abandonne, lâche prise, se laisse pénétrer davantage par la charité de Dieu et peut ainsi contempler Jésus « dans sa très grande humilité » « dans sa très grande patience, mansuétude et bénignité. » Ce faisant, il sent s'épanouir en lui la charité de Dieu.

Il vieillit. Mais il lui faut encore veiller au devenir de sa congrégation. Les séminaires sont surchargés. Il faut un centre de formation propre à la Congrégation. Il est choisi à Launay, dans la région de Coutances en 1679. La formation s'y fixe pour longtemps.

Sentait-il venir les prémices de sa mort prochaine ? Jean Eudes veut nommer un Vicaire qui sera appelé à lui succéder. Le 26 juin 1680, Jean-Jacques Blouet de Camilly, fils des amis d'autrefois de Jean Eudes, est élu à une forte majorité. Il se prosterne aux pieds du Père Eudes et lui demande sa bénédiction.

Le temps qui lui est désormais compté, le Père Eudes le passe en louanges et en actions de grâces. Il aime remercier, il veut toujours exprimer sa gratitude et sa reconnaissance. Déjà il peut voir que son œuvre tout entière a porté du fruit. La congrégation grandit. Le renouveau de l'Eglise auquel il a tant contribué devient visible : grâce aux séminaires, le clergé est renouvelé, de jeunes évêques, animés d'une foi vivante, prennent un peu partout leurs responsabilités. Et ce constat lui est doux.

Sa dévotion au Cœur de Marie ne cesse de grandir. Il compose, lui aussi, son propre Magnificat et demande qu'une copie soit déposée, avec son corps, dans son cercueil. Jusqu'au bout, il rédige Le Cœur Admirable de la très Sainte Mère de Dieu, ouvrage commencé vingt ans auparavant. Il l'achève le 25 juillet 1680.

Aussitôt, malade, il doit s'aliter et ne se relèvera que pour s'agenouiller, aidé de son infirmier et de deux de ses confrères, pour adorer le Saint Sacrement. Prosterné, il demande pardon à Notre Seigneur « pour ses innombrables péchés ». Il réconforte ses frères, leur parle des joies du paradis, les confie à Jésus et Marie. Il répète souvent : « Jésus est mon tout ! » Dans son testament, il avait fait vœu que « son dernier soupir soit un acte de pur amour » envers Jésus et cette prière s'achevait par ces mots : « Viens, viens, viens, Seigneur Jésus ». Dieu le rappelle à Lui le 19 août 1680. Le saint est inhumé dans la chapelle du séminaire, encore inachevée.

Les fils et filles du Père Jean Eudes conservèrent pieusement son souvenir. Les Annales des Eudistes et celles de Notre-Dame de Charité sont autant de témoignages de sa vie. Ses manuscrits furent imprimés pour partie et nombre de lettres furent recopiées ce qui est fort heureux compte tenu de la disparition des originaux. Trois biographies composées entre 1692 et 1729 ne furent pas imprimées. Surtout le courant janséniste de l'époque qui avait toujours combattu le Père Eudes se chargea de le faire oublier. On se moquait de la dévotion du Saint aux Cœurs de Jésus et de Marie. Seuls les Eudistes et les Religieuses de Notre-Dame de la Charité continuaient à le vénérer.

La Révolution fut fatale aux quelque cent Eudistes qui exerçaient alors leur ministère. Clandestins ou exilés, certain furent massacrés. La Congrégation se reforma péniblement à partir de 1826. C'est seulement en 1860 que, encouragée par le Pape IX, elle entreprit les démarches de la canonisation de Jean Eudes en rencontrant d'énormes difficultés : deux siècles s'étaient écoulés, nombre d'archives avaient été détruites pendant la Révolution, tous les écrits n'avaient pas été publiés. Un travail important permit d'éditer, de 1905 à 1912, les douze tomes des œuvres complètes du Père Eudes. Le procès, lui-même, n'allait pas de soi. De vieilles affaires refirent surface. La personnalité de Marie des Vallées posait toujours question, le « gallicanisme » du Père Eudes revint sur le tapis, qu'on se souvienne de la supplique de Louis Boniface qui avait entrainé la disgrâce du saint. Enfin il y eut débat quant à l'antériorité de la fête du Sacré Cœur de Jésus instaurée par le saint et les révélations faites quelques années plus tard à Marguerite-Marie Alacoque.

Petit à petit, ces obstacles furent balayés et les miracles reconnus. Le 25 avril 1909, le Pape Pie X procéda à la béatification de Jean Eudes et, le 31 mai 1925, il fut canonisé par le Pape Pie XI en même temps que Jean-Marie Vianney, curé d'Ars.

Jean Eudes est considéré aujourd'hui comme l'un des artisans du renouveau de l'Eglise de France au XVII^e siècle.

Les religieuses de Notre-Dame de Charité et du Bon Pasteur continue leur apostolat auprès des jeunes en difficulté et des femmes. Pour leur part, les Eudistes sont aujourd'hui environ cinq cents membres. Ils sont présents en France, en Afrique en Amérique du Nord et du Sud où ils poursuivent leur mission d'évangélisation et de formation des prêtres telle que l'avait conçue leur Fondateur.

Saint Jean Eudes avait, nous l'avons vu, composé son propre Magnificat, inspiré des bienfaits reçus au cours de sa vie. Habité par la louange, il voulait que sa mort elle-même bénisse Dieu, le texte étant placé dans son cercueil. La louange, dans l'humilité, génère pour ceux qui s'y adonnent, de grands bienfaits. Aussi vous proposons-nous de faire nôtres quelques–uns des versets de cette belle prière :

« Mon âme glorifie le Cœur admirable de Jésus et de Marie ; mon esprit grandit de joie en mon grand Cœur (le Cœur du Christ)…

Ce Cœur plein de bonté a fait pour moi des merveilles, Il m'a accueilli dès le sein de ma mère…

L'abîme de mes misères a attiré l'abîme de ses miséricordes…

Il m'a choisi pour son prêtre et m'a donné place parmi les princes de son peuple…

Il m'a fait mourir et vivre. Il a toujours été avec moi, m‘accompagnant pas à pas.

Ô Cœur de Jésus, brisé d'amour et de douleur, pour nous, sur la croix, que notre cœur te soit immolé pour toujours dans le feu de l'amour…

Ô Cœur de Marie, transpercé par une épée de douleur, fais que notre cœur soit pour toujours blessé par la flèche de l'Amour qui est Dieu ! »

Ô Cœur de Marie, nous te prions. 

Je vous salue Marie…