Pierre Favre naquit le 13 avril 1506, dans le village du Villaret, dans le massif des Aravis (alors dans le diocèse de Genève), un hameau de montagne (900 m d'altitude, tout près du Grand-Bornand qui se trouvait dans le duché de Savoie (aujourd'hui en Haute-Savoie), dans une famille nombreuse de bergers. 

Famille pauvre, il décrit ses parents comme de « vertueux catholiques et très pieux ». Il commence ses études à Thônes puis La Roche. Acceptant son désir d'étudier, ses parents le placèrent auprès du prêtre érudit Pierre Veillard qui exerça une grande influence sur lui. Il fut encouragé également par son oncle paternel, Dom Mamert Favre, prieur de la chartreuse du Reposoir qui finança la suite de ses études à la Sorbonne.

Fidèle en amitié, Pierre Favre restera toute sa vie en contact avec les chartreux, surtout ceux de Cologne, dont le soutien durant ses voyages apostoliques en Allemagne lui fut très précieux. 

En 1525, il partit étudier à Paris au collège de Montaigu mais il passe rapidement au collège Sainte-Barbe où il a François Xavier comme camarade de chambre. Peu après un troisième élément, Ignace de Loyola, les rejoint.

Alors que François Xavier est plus réservé, une profonde amitié se lie entre Pierre et Ignace. Le premier devient le répétiteur du second et Ignace, qui a déjà 34 ans et une grande expérience spirituelle, aide Pierre à surmonter ses tentations et ses scrupules.

En 1530, Favre est bachelier ès arts et poursuit sa licence en théologie. En 1534, il suit ses Exercices spirituels sous la direction d'Ignace de Loyola et pénètre si profondément dans cette voie vers Dieu que, plus tard, Ignace le reconnaîtra comme celui qui les donne le mieux.

Lorsque, le 15 août 1534, le groupe des sept « Amis dans le Seigneur » rassemblés par Ignace de Loyola monte à la chapelle Saint-Denis à Montmartre pour se consacrer à Dieu par les vœux de pauvreté et chasteté, c'est Pierre Favre, tout récemment ordonné prêtre le 30 mai 1534, qui célèbre la messe et reçoit leur engagement religieux et apostolique.

Peu après, il remplace également Ignace à la tête du groupe lorsque ce dernier doit faire un séjour dans son pays natal pour des raisons de santé. Trois nouveaux compagnons sont alors reçus par Favre dans le groupe : Jean Codure, Claude Le Jay et Paschase Broët.

En janvier 1537, tous les « Amis dans le Seigneur » — ils sont alors onze — se retrouvent avec Ignace à Venise. Ceux qui sont prêts sont alors ordonnés prêtres. Le séjour à Venise, avec une aide portée aux malades des hôpitaux des villes avoisinantes, est la dernière préparation spirituelle avant de se rendre à Rome pour se placer au service de l'Église et du pape.

Arrivé à Rome en 1538, Pierre Favre y enseigne pour un temps la théologie à l'université La Sapienza tout en préparant avec les autres le projet de fondation de la Compagnie de Jésus qui sera approuvé le 27 septembre 1540 par Paul III.

Fin 1540, Favre commence une vie itinérante missionnaire, parcourant les principaux pays d'Europe et travaillant au renouvellement spirituel et à la réforme du catholicisme. Il est d'abord à Parme où durant 18 mois il donne les Exercices spirituels et réforme plusieurs couvents et monastères.

Le pape l'envoie ensuite aux colloques de Worms et Ratisbonne, en Allemagne. Les contacts avec les protestants n'étaient pas encore rompus : on espérait y trouver un accord qui éviterait le schisme. Le colloque fut un échec mais le séjour de Favre en Allemagne lui ouvrit les yeux : l'ignorance religieuse du peuple chrétien et l'immoralité du clergé étaient les causes principales du progrès du protestantisme. Ce fut un tournant dans les premières orientations apostoliques de la Compagnie de Jésus.

En 1541, il vient passer le mois d'août dans la vallée de Thônes ou il retrouve sa famille et son village natal du Villaret. À cette occasion il séjourne deux jours au château d'Alex.

Favre fait ensuite un voyage en Espagne où son sens de l'amitié lui permit d'établir des contacts utiles pour la Compagnie de Jésus : Saragosse, Madrid, Ocaña et Tolède.

En 1542, il est de retour en Allemagne, à Spire et Mayence, où il donne les Exercices spirituels, entre autres, au printemps 1543, à Pierre Canisius qui entrera plus tard dans la Compagnie de Jésus. À Mayence qu'il vénérait particulièrement la croix sainte de Mayence, qui a été conservée aujourd'hui au grand séminaire de Mayence.

En 1544, il fonde le collège de Cologne avec l'aide des chartreux. Il visite également Anvers et Louvain.

À la demande du Pape Paul III, Pierre Favre se rend à la cour du Portugal pour une mission spéciale. En Espagne, en 1545, il fonde des communautés jésuites à Valladolid et Alcala ; mais ces voyages incessants minent sa santé. 

Rappelé à Rome pour s'y préparer à participer comme légat du pape au concile de Trente, Pierre Favre meurt le 1^er août 1546 dans les bras même d'Ignace de Loyola. 

Mort à 40 ans, Favre est moins connu que d'autres parmi les premiers compagnons jésuites. 

Cependant, il occupe une place très importante dans l'histoire de la fondation de la Compagnie de Jésus : D'abord parce qu'il faisait partie du noyau initial des trois « Amis dans le Seigneur » fondé dans la chambre du collège Sainte-Barbe à Paris avec Ignace de Loyola et François Xavier, ensuite parce qu'Ignace de Loyola avait la plus grande confiance en lui.

De plus, au moment de l'élection du premier supérieur général de la Compagnie, il apparut clairement que Pierre Favre faisait l'unanimité comme second choix, si Ignace de Loyola avait persévéré dans le refus de son élection.