Durante le apparizioni di Fatima in Portogallo, il 13 luglio 1917, i tre pastorelli che videro la Beata Vergine, Lucia Dos Santos e i suoi cugini Francesco Marto e Giacinta, ricevettero un "Segreto" dalla Vergine, diviso in tre parti ed accompagnato da due visioni.
Suor Lucia racconta la visione dell'Inferno che ebbe con i suoi due cugini il 13 luglio 1917 alla Cova da Iria:
"Vedemmo un grande mare di fuoco, che sembrava stare sotto terra. Immersi in quel fuoco, i demoni e le anime, come se fossero braci trasparenti e nere o bronzee, con forma umana che fluttuavano nell'incendio [...]. I demoni si riconoscevano dalle forme orribili e ributtanti di animali spaventosi e sconosciuti, ma trasparenti e neri. Questa visione durò un momento. E grazie alla nostra buona Madre del Cielo, che prima ci aveva prevenuti con la promessa di portarci in Cielo (nella prima apparizione), altrimenti credo che saremmo morti di spavento e di terrore”.
La Madonna ci spiegò cosa ci aveva mostrato:
“ Avete visto l'inferno dove cadono le anime dei poveri peccatori. Per salvarle, Dio vuole stabilire nel mondo la devozione al Mio Cuore Immacolato. Se faranno quel che vi dirò, molte anime si salveranno e avranno pace. La guerra sta per finire; ma se non smetteranno di offendere Dio, durante il Pontificato di Pio XI ne comincerà un'altra ancora peggiore. Quando vedrete una notte illuminata da una luce sconosciuta, sappiate che è il grande segno che Dio vi dà che sta per castigare il mondo per i suoi crimini, per mezzo della guerra, della fame e delle persecuzioni alla Chiesa e al Santo Padre. Per impedirla, verrò a chiedere la consacrazione della Russia al Mio Cuore Immacolato e la Comunione riparatrice nei primi sabati. Se accetteranno le Mie richieste, la Russia si convertirà e avranno pace; se no, spargerà i suoi errori per il mondo, promuovendo guerre e persecuzioni alla Chiesa. I buoni saranno martirizzati, il Santo Padre avrà molto da soffrire, varie nazioni saranno distrutte. Finalmente, il Mio Cuore Immacolato trionferà. Il Santo Padre Mi consacrerà la Russia, che si convertirà, e sarà concesso al mondo un periodo di pace ”.
E' questa parte del segreto, spesso indicata come il "terzo segreto di Fatima", che ha suscitato il più grande interesse.
Il 3 gennaio 1944, nel suo convento di Tuy, Suor Lucia, su ordine del vescovo di Leiria, scrisse la terza parte de Il Segreto di Fatima, in una lettera a lui destinata:
“Dopo le due parti che già ho esposto, abbiamo visto al lato sinistro di Nostra Signora un poco più in alto un Angelo con una spada di fuoco nella mano sinistra; scintillando emetteva fiamme che sembrava dovessero incendiare il mondo; ma si spegnevano al contatto dello splendore che Nostra Signora emanava dalla sua mano destra verso di lui: l'Angelo indicando la terra con la mano destra, con voce forte disse: Penitenza, Penitenza, Penitenza! E vedemmo in una luce immensa, che è Dio, ("qualcosa di simile a come si vedono le persone in uno specchio quando vi passano davanti") un vescovo vestito di bianco, ("abbiamo avuto il presentimento che fosse il Santo Padre") insieme a vescovi, sacerdoti, religiosi e religiose salire una montagna ripida, in cima alla quale c'era una grande Croce di tronchi grezzi come se fosse di sughero con la corteccia; il Santo Padre, prima di arrivarvi, attraversò una grande città mezza in rovina e mezzo tremulo, con passo vacillante, afflitto di dolore e di pena, pregava per le anime dei cadaveri che incontrava nel suo cammino; giunto alla cima del monte, prostrato in ginocchio ai piedi della grande Croce, venne ucciso da un gruppo di soldati che gli spararono vari colpi di arma da fuoco e frecce, e allo stesso modo morirono gli uni dopo gli altri i vescovi, sacerdoti, religiosi, religiose e varie persone secolari, uomini e donne di varie classi e posizioni. Sotto i due bracci della Croce c'erano due Angeli ognuno con un innaffiatoio di cristallo nella mano, nei quali raccoglievano il sangue dei Martiri e con esso irrigavano le anime che si avvicinavano a Dio”.
Il Terzo Segreto verrà reso pubblico il 26 giugno 2000 da Papa Giovanni Paolo II, poco dopo la beatificazione di Giacinta e Francesco Marto, riconosciuti santi per il centenario delle apparizioni, nel 2017.
Nella sua lettera del 12 maggio 1982 a Papa Giovanni Paolo II, Suor Lucia darà una chiave di lettura della terza parte del Segreto: "La terza parte del Segreto, che voi siete ansiosi di comprendere, è una rivelazione simbolica, che si riferisce a quella parte del Messaggio, condizionata dalla nostra risposta (o non risposta) a ciò che il Messaggio stesso ci chiede. Dal momento che non abbiamo ascoltato questo appello del Messaggio, vediamo che si è avverato: la Russia ha inondato il mondo con i suoi errori”.
Il 13 ottobre 1973, anniversario dell'ultima apparizione di Fatima e del miracolo del sole, la Vergine si manifestò ad Akita, in Giappone, ad una suora sorda, Suor Agnese:
" Se gli uomini non si pentono, Dio Padre infliggerà un terribile castigo all'umanità. Sarà peggio del diluvio. Il fuoco cadrà dal Cielo e spazzerà via gran parte dell'umanità. I sopravvissuti invidieranno i morti. L'opera del Diavolo si infiltrerà anche nella Chiesa: vedremo cardinali contro cardinali e vescovi contro vescovi. I sacerdoti che mi venerano saranno disprezzati ed osteggiati dai loro confratelli. Le chiese e gli altari saranno saccheggiati. La Chiesa sarà piena di persone che accettano i compromessi ".
Nel 1984, il vescovo Ito ha riconosciuto le apparizioni di Akita e, pochi mesi dopo, il Cardinale Ratzinger, futuro Papa Benedetto XVI, confermò che "i due messaggi di Fatima e di Akita dicono essenzialmente la stessa cosa".