La joie des études (Breslau et Göttingen) 

Amitié et études sont intimement liées, puisque les quatre amies du Trèfle étudient toutes à l'université de Breslau. Edith s'engage, dans la liberté académique la plus totale, dans un programme très chargé constitué de cours d'histoire, d'allemand, de philologie ancienne, de psychologie et de philosophie, auxquels s'ajoutent les rencontres régulières d'un groupe de pédagogie. Son intérêt pour la personne humaine la conduit d'abord à la psychologie, discipline alors en pleine croissance, fondée essentiellement sur les sciences naturelles. Mais la psychologie expérimentale déçoit la jeune femme en quête de vérité. Elle s'oriente alors, par l'intermédiaire d'un ami, vers les œuvres d'Edmund Husserl, le fondateur du courant philosophique de la phénoménologie, et décide de quitter Breslau pour aller étudier auprès de lui à Göttingen. Elle y rencontre un nouveau monde et de nouveaux amis qui l'initient à la phénoménologie husserlienne, dont elle adoptera désormais la méthode pour ses futurs travaux et en particulier son questionnement au sujet de la personne humaine. Elle démontre sa grande créativité intellectuelle dans son travail de thèse chez Husserl, en appliquant la méthode phénoménologique à une question particulière, le problème de l'empathie. Edith Stein pense qu'il est possible de connaître non seulement l'« extérieur » d'une personne (par exemple son aspect physique, le ton de sa voix, etc.), mais également ses vécus et donc son « monde intérieur », précisément par empathie. La rédaction de ce travail coïncide en partie avec la Première Guerre mondiale. En 1914, elle se porte volontaire pour la Croix Rouge et passe plusieurs mois l'année suivante à soigner les blessés de guerre dans un lazaret en MährischWeisskirchen.

Désespoir et dépression 

La guerre, le travail effréné et l'ambition qui la porte la conduisent à faire l'expérience du désespoir. Elle cultive la conviction d'être appelée à une grande destinée à travers sa recherche philosophique originale. Aussi se met-elle dans une situation de tension extrême : elle s'impose une surcharge de travail qui la mènera, à plusieurs reprises, à des épisodes de dépression profonde que l'on appellerait sans doute aujourd'hui « burn out ». Dans différents écrits postérieurs, elle soulignera combien la beauté – les paysages, la musique de Bach – mais aussi l'amitié – celle d'Adolphe Reinach et son soutien pour entamer le travail de rédaction de sa thèse – l'aideront à sortir de ces périodes. Elle mentionne également, pour la première fois, une expérience mystique de repos en Dieu qui la revigore au point d'en être entièrement renouvelée.

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